DNA² é a história de Junta Momonari, um jovem adolescente japonês que é como muitos outros garotos, com exceção de que tem alergia a mulheres, e toda vez que ocorre algo muito intímo, ele acaba vomitando. Karín, veio do futuro para impedir a super população do mundo devido ao chamado "mega playboy", que é na verdade o próprio Junta. 

Karín atira uma bala com um efeito especial em Junta para impedir que o DNA de mega play boy de Junta se revele. Porém, ela atira a bala errada e acelera o processo. É apartir daí que o enredo se desenrola.